膜结构建筑为了便于清洁，在设计阶段应考虑设置清洗人员上屋顶的通道和便于安全索和保险绳固定的连接件。清洗工作应该按照加工商提供的操作手册进行。
清洁时应该保证不破坏PVDF或FEP等涂层膜材的表面处理层。因此，不可使用擦洗剂、强溶剂、硬刷和高压水枪。此外，清洗人员在屋面行走时必须穿软底鞋。
膜面在潮湿状态下会很滑，因此应使用安全绳及防坠网等安全措施。考虑到在清洗老旧建筑时可能发生断裂等破坏，故应在其下面布置安全网。
与家用肥皂或餐具清洁剂相比，一般的膜材清洗剂通常是相对安全的，但也必须避免其与皮肤、眼睛和粘膜的长期接触。
必须严格遵守清洗剂供应商提供的安全使用说明。
清洁手册一般包括下列内容：
(1) 大颗粒积灰应该用清水冲洗。
(2) 使用加工商指定的清洗剂并配套使用相应的软刷、海绵以及清洗设备清洗膜面，并用清水冲洗以便在膜面干燥（考虑到风和太阳的作用）前将灰尘和清洗剂冲走。
(3) 让清洗剂作用几分钟，但是要避免清洗区域被风干。
(4) 对于顽固污渍可能需要高浓度清洗剂（可以参考生产商的说明和膜材样本的测试）刷洗，但要避免刮掉膜材的面层。
(5) 用清水冲洗清洗过的膜面直至没有清洗剂残留在膜面上为止。
使用清洗机很有可能会损坏涂层甚至冲漏膜材。为避免其发生，清洁机应配上安全防护装置以使喷水嘴不致距膜面太近。一个简单且便于判别的准则是能使皮肤感觉疼痛的物体都可能对膜材造成损害。
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